1.个性化需求不容易满足。由于制造通常是一个复杂的流程，包括了一系列广泛的业务和大量的交易，因此修改或定制是必须的，也是很常见的，不能强求所有用户采用同一模式。而云ERP多是SaaS模式，通常是向所有用户交付相同的应用程序，这是其生存知道，利润之源，个性化的定制相当困难，几乎是不可行的。当然，一些SaaS软件产品可以进行一些简单的修改，比如有关界面的一些设定。但是这样的修改显然无法满足业务逻辑和流程的重大变化，很难成为实用的ERP系统。

2.机密数据被云ERP供应商控制。使用任何ERP系统都将会导致数据被供应商所掌握。然而，在云计算情况下这种情况走向了极端。传统ERP导致ERP供应商可以在企业允许的情况下接触数据，而云ERP情况下，则完全相反，许多企业不能接受和允许这样的情况发生，很少有企业都愿意将他们的私有数据和相关的基础设施资料泄露给别人，尤其是对一些他们无法控制的远程服务，数据和服务均不在自己的控制范围之内，甚至远在几千里之外，当数据损失、服务中断时，企业只能等待，相对于传统ERP而言，这是致命的短板，因为传统的ERP系统例如同人ERP，所有的数据、服务都在企业的控制范围之内，可以随时处理出现的问题。

3.地方性法规的限制。企业运行在市场中，受到相关智能部门的监管，不同的地方会有不同的地方性法规，或是来自非政府的认证机构的不同要求。ERP软件系统必须从功能上满足这些要求。前面已经说过，云ERP很难实现这些定制，而地方性法规并不相同，否则就不是地方性法规了，这些要求必然需要编码级别的实现，但是云解决方案通常依靠共享的服务器和应用程序，具体的某些法规政策也许还需要进行内部的信息储存和处理。

4.安全因素。尽管云供应商已经做出了巨大的努力来降低安全方面的隐患，但是许多事情超出供应商的控制范围，例如Internet。云应用系统供应商认为SaaS的安全等级甚至比传统ERP系统要高，因为云服务提供商的员工都是经过高度培训以及富有处理各种访问和安全问题经验的的员工，且对于专用的数据中心投入更多的关注和控制。然而关键问题是，企业对于控制自己员工的能力是有自信的，对于供应商的员工是没有控制力的，只能依赖于供应商的承诺，再考虑到Inetrnet的因素，显然，很多事情只能听天由命。

5.租用并不一定更便宜。尽管从短期来看租用似乎比购买更划算，但这种方法并不适合一些企业。租用是纯粹的支出，而购买可以增加资产，而事实上，许多产品的售价非常便宜，更有同人ERP之类的免费产品，几乎比租用更便宜，而硬件产品价格下降很快，在整个ERP系统中所占比重越来越低，这是很重要的因素。

6.很难与企业的其他应用程序系统集成。企业会部署多种信息管理系统，ERP系统需要与其它云和内部部署系统集成，一家企业也许同时在数十个甚至几百个系统下运作，同时还要与监管部门的业务系统集成，例如税务、公安等等。从技术角度来说，所有潜在的集成问题都能被解决，但是从企业和商业运营的角度看，要考虑成本、效率、安全等等因素，对于云ERP系统而言，这些都比传统ERP要困难得多，许多问题是凭空出现的，对于习惯了传统ERP的企业而言，这些似乎都不会是大问题。